歷史證據(jù)顯示，酸奶作為食品至少有4500多年的歷史了，最早期的酸奶可能是游牧民族裝在羊皮袋里的奶受到依附在袋的細(xì)菌自然發(fā)酵，而成為奶酪?，F(xiàn)在，雖然許多國家都宣稱酸奶是他們本國的發(fā)明，然而到目前為止還沒有一個有力的證據(jù)能表明誰是第一個發(fā)現(xiàn)者，也許酸奶被獨(dú)立地發(fā)現(xiàn)了很多次。

據(jù)十一世紀(jì)由麻赫穆德·喀什噶里編寫的《突厥語大詞典》以及尤素甫·哈斯·哈吉甫撰寫的《福樂智慧》兩本書中都記載了土耳其人在中世紀(jì)就在食用酸奶了。這兩部書在不同側(cè)面都提到了“yoghurt”這個詞，并詳細(xì)記錄了游牧的土耳其人使用酸奶的方法。歐洲有關(guān)酸奶的第一個記載源自于法國的臨床歷史記錄：弗朗西斯一世患上了一場嚴(yán)重的痢疾，當(dāng)時的法國醫(yī)生都束手無策，盟國的蘇萊曼一世給他派了一個醫(yī)生，這個醫(yī)生宣稱用酸奶治好了病人。

直到二十世紀(jì)，酸奶才成為了南亞、中亞、西亞、歐洲東南部和中歐地區(qū)的食物材料。俄國生物學(xué)家埃黎耶·埃黎赫·梅契尼可夫推斷出保加利亞人長壽的原因是由于他們長久以來進(jìn)食奶酪的習(xí)慣。梅契尼可夫提出乳酸菌是人類維持身體健康的一項(xiàng)重要元素，于是他開始于全歐洲推廣奶酪這種食品。其后，一位西班牙企業(yè)家伊薩克·卡拉索將奶酪的生產(chǎn)工業(yè)化，于1919年，卡拉索在巴塞羅那推廣他的奶酪產(chǎn)品，并以自己兒子的名字Danone（達(dá)能）為商品命名，而在美國的名稱“Dannon”更為人所熟悉。有一說法，奶酪在加入果醬果肉后，更能發(fā)揮其保護(hù)效能，對抗病毒的入侵，這種加入果醬果肉的奶酪最后在1933年，由一間布拉格的乳制品公司RadlickáMlékárna 取得專利，并于1947年由達(dá)能公司引入美國。

早在公元前3000多年以前，居住在安納托利亞高原（現(xiàn)也稱土耳其高原）的古代游牧民族就已經(jīng)制作和飲用酸奶了。最初的酸奶可能起源于偶然的機(jī)會。那時羊奶存放時經(jīng)常會變質(zhì)，這是由于細(xì)菌污染了羊奶所致，但是有一次空氣中的酵母菌偶爾進(jìn)入羊奶，使羊奶發(fā)生了變化，變得更為酸甜適口了。這就是最早的酸奶。牧人發(fā)現(xiàn)這種酸奶很好喝。為了能繼續(xù)得到酸奶，便把它接種到煮開后冷卻的新鮮羊奶中，經(jīng)過一段時間的培養(yǎng)發(fā)酵，便獲得了新的酸奶。

公元前2000多年前，在希臘東北部和保加利亞地區(qū)生息的古代色雷斯人也掌握了酸奶的制作技術(shù)。他們最初使用的也是羊奶。后來，酸奶技術(shù)被古希臘人傳到了歐洲的其它地方。

20世紀(jì)初，俄國科學(xué)家伊·緬奇尼科夫在研究保加利亞人為什么長壽者較多的現(xiàn)象時，調(diào)查發(fā)現(xiàn)這些長壽者都愛喝酸奶。他還分離發(fā)現(xiàn)了酸奶的酵母菌，命名為“保加利亞乳酸桿菌”。緬奇尼科夫的研究成果使西班牙商人薩克·卡拉索很愛，他在第一次世界大戰(zhàn)后建立酸奶制造廠，把酸奶作為一種具有藥物作用的 “長壽飲料”放在藥房銷售，但銷路平平。第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)后，卡拉索來到美國又建了一座酸奶廠，這次他不再在藥店銷售了，而是打入了咖啡館、冷飲店，并大作廣告，很快酸奶就在美國打開了銷路，并迅速風(fēng)靡了世界。

1979年，日本又發(fā)明了酸奶粉。飲用時只需加入適量的水，攪拌均勻，即可得到美味酸奶。