據(jù)中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院消息，近日，中國農(nóng)科院北京畜牧獸醫(yī)研究所動物基因工程與種質(zhì)創(chuàng)新科技創(chuàng)新團(tuán)隊聯(lián)合北京相關(guān)生物企業(yè)等單位成功繪制了梅山豬高質(zhì)量基因組圖譜。

該圖譜是迄今為止精度最高的亞洲豬基因組圖譜，為我國地方豬種質(zhì)資源保護(hù)和開發(fā)利用奠定了基礎(chǔ)。相關(guān)成果發(fā)表于《分子生態(tài)資源(Molecular Ecology Resources)》，題為“The Meishan pig genome reveals structural variation-mediated gene expression and phenotypic divergence underlying Asian pig domestication”。

據(jù)項目負(fù)責(zé)人周榮博士介紹，我國地方豬種具有肉質(zhì)好、抗逆性強(qiáng)、耐粗飼等特點，是生豬種業(yè)持續(xù)創(chuàng)新和實現(xiàn)種源自主可控的良好素材。國內(nèi)外學(xué)者針對我國地方豬種的抗病力、繁殖性能等重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳機(jī)制開展了大量研究，產(chǎn)生了海量重測序、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

分析研究這些數(shù)據(jù)需要與參考基因組進(jìn)行比對，但目前豬功能基因組學(xué)研究大多利用西方豬種杜洛克的基因組序列，這在一定程度上限制了對亞洲家豬的基因組學(xué)研究。

此次研究團(tuán)隊成功繪制了我國地方品種梅山豬的高質(zhì)量基因組圖譜，contig N50和scaffold N50分別達(dá)到48.05 Mb和138.97 Mb，基因組大小為2.51Gb，共注釋到22,074個編碼基因，是目前完整度最高、連續(xù)性最強(qiáng)的亞洲豬基因組圖譜。

亞洲豬X染色體上存在的特有結(jié)構(gòu)變異熱點。

研究團(tuán)隊對梅山豬和杜洛克豬的基因組進(jìn)行了比較分析，發(fā)現(xiàn)梅山豬基因組共存在49103個結(jié)構(gòu)變異，其中4.02%是亞洲豬特有的結(jié)構(gòu)變異。研究還發(fā)現(xiàn)亞洲豬X染色體上存在一個30 Mb的特有結(jié)構(gòu)變異熱點，該熱點富集了與亞洲豬脂肪沉積、高繁殖力等特異性表型相關(guān)的基因。該研究得到國家自然科學(xué)基金重點項目、國家重點研發(fā)計劃等項目的支持。

論文鏈接：pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33825319/