家雞是世界上最早馴化的動(dòng)物之一。多項(xiàng)證據(jù)表明家雞是由紅原雞的一個(gè)亞種馴化而來，但其它原雞屬（灰原雞、綠原雞和黑尾原雞）也對家雞存在基因滲入現(xiàn)象。因此，家雞不僅是從紅原雞進(jìn)化而來，而且是多個(gè)原雞混合形成的品種。而現(xiàn)在家雞的參考基因組僅從一只紅原雞測序組裝而來，當(dāng)前的參考基因組(GRCg6a)不能夠覆蓋所有家雞的遺傳變異。同時(shí)，近年來研究發(fā)現(xiàn)大量的表型變異是由基因組結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的，因此，構(gòu)建雞的泛基因組，不僅可以完善雞基因組，而且可捕獲更多的結(jié)構(gòu)變異，用來解析表型變異的遺傳基礎(chǔ)。

近日，河南農(nóng)業(yè)大學(xué)康相濤教授團(tuán)隊(duì)與澳大利亞西澳大學(xué)等單位合作，構(gòu)建了首個(gè)雞泛基因組，并解析了影響雞生長性狀主效基因IGF2BP1的致因突變。7月30日，該研究成果在國際著名期刊Molecular Biology and Evolution（IF=16.24），以Article形式在線發(fā)表。

該研究共使用了868只雞的二代測序數(shù)據(jù)。其中，359只雞的數(shù)據(jù)來自河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場于2003年建立的固始-安卡雞F2代資源群以及保存的固始雞、淅川烏骨雞保種群，509只雞的數(shù)據(jù)來源于公共數(shù)據(jù)庫?；凇癛eference-based Iterative Mapping and Assembly ”方法，利用664只雞的數(shù)據(jù)構(gòu)建了首個(gè)雞的泛基因組，發(fā)現(xiàn)有~66.5 Mb的序列在目前參考基因組中不存在。全基因組PAV（Presence/Absence variation）分析發(fā)現(xiàn)：選擇、雜交和遺傳漂變因素均可以重塑群體的PAV特征。另外，PAV-GWAS 和功能研究發(fā)現(xiàn)，IGF2BP1基因啟動(dòng)子區(qū)存在著L1和L2兩種突變類型，與雞多個(gè)生長/體尺性狀顯著相關(guān)，并對相關(guān)數(shù)量性狀的表型方差貢獻(xiàn)很大。

據(jù)悉，河南農(nóng)業(yè)大學(xué)建有河南省雞種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、河南省家禽育種國際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室和河南省家禽種質(zhì)資源創(chuàng)新工程研究中心等5個(gè)省部級研究平臺(tái)，擁有設(shè)施設(shè)備一流、保存了28個(gè)特色資源的河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場。康相濤教授團(tuán)隊(duì)是教育部、農(nóng)業(yè)部科研創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，一直致力于地方雞遺傳資源保護(hù)與利用研究。團(tuán)隊(duì)長期圍繞地方雞種質(zhì)資源保護(hù)和利用開展研究，先后主持承擔(dān)國家“863”計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金、河南省重大專項(xiàng)等國家和省部級科研項(xiàng)目50余項(xiàng)；育出特色新品系19個(gè)，新發(fā)現(xiàn)國家遺傳資源1個(gè)，培育國審新品種（配套系）3個(gè)，獲國家技術(shù)發(fā)明二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。